ידוע שכל דבר אינו נתרן אלא בשורשו העליון, וכל אחד מישראל, שורש העליון של נשמתו הוא מאות אחת מהתורה הקדושה, לכן כל פגמי הנפש החוטאת נתקנים ונמתקים בשורשם בתורה הקדושה, על ידי העסק בה כראוי. וכמו שאמר הכתוב 'תורת ה' תמימה משיבת נפש', שאף אם כבר נכרתה הנפש משורשה ח"ו, ותרד פלאים בעמקי מצולות הרע ח"ו, התורה הקדושה שעוסק בה היא מקימה ומוציאה ממסגרים, ומשיבה אותה להתקשר כבתחילה.
לכן תקנו הראשונים ז"ל נוסח הוידוי על פי סדר הכ"ב אותיות, כדי לעורר שורש העליון של נפשו, אשר היא מקושרת ונאחזת בתורה הקדושה לטהרה ולקדשה. (נפש החיים ד לב).
