הפרש וחילוק שבין הב' שמות, הוי"ה ואלוקים, כי שם אלוקים פירושו בעל הכוחות כולם, שהוא נשמת וחיות ושורש השורשים של הכוחות כולם, כמו שנאמר "ואתה מחיה את כולם", כל רגע ממש. ולכן נקרא הוא יתברך 'נשמתא דכל נשמתין, ועקרא ושרשא דכל עלמין'.
אבל עם כל זה, לפי פירושו וענינו של זה השם, משמע שיש במציאות גם עולמות וכוחות מחודשים מרצונו הפשוט יתברך, שצמצם כבודו והניח מקום כביכול למציאות כחות ועולמות, אלא שהוא יתברך הוא נשמתם ומקור שרש כח חיותם, שמקבלים מאתו יתברך, שמתפשט ומסתתר בתוכם כביכול. כענין התפשטות הנשמה בגוף האדם, שאף שהיא מתפשטת בכל חלק ונקודה פרטית שבו, עם כל זה לא נוכל לומר שהגוף מתבטל נגדה כאילו אינו במציאות כלל. וכן בכל כח ועולם עליון שמתפשט בכל עצמות הכח והעולם שתחתיו, עם כל זה גם הכח והעולם התחתון ישנו במציאות. והוא כפי אשר מצדנו בענין השגתנו.
אבל שם העצם הוי"ה ב"ה מורה על הבחינה והענין כפי אשר הוא מצדו יתברך שנתבאר למעלה, ולכן נקרא שם העצם שם המיוחד ברוך הוא. (נפש החיים, ג, יא)