כפי שהתבאר לעיל, נחלקו רבי אליעזר בן יעקב וחכמים בדינו של תובע הבא בטענת אביו, והנתבע מודה במקצת, לדעת רבי אליעזר בן יעקב חייב הוא שבועה דאורייתא ככל מודה במקצת, ולדעת חכמים הוא נחשב כ'משיב אבידה', ופטור. מברר הרי"ף את ההלכה במחלוקת זו: וַהֲלָכָה כְּרַבִּי אֱלִיעֶזֶר בֶּן יַעֲקֹב, שאף המודה במקצת לבנו של בעל הממון חייב שבועת התורה, כִּדְאַמְרִינָן (גיטין סז.) מִשְּׁנַת רַבִּי אֱלִיעֶזֶר בֶּן יַעֲקֹב 'קַב, וְנָקִי', כלומר, מועטים הם דבריו, כשיעור 'קב', אך בכל מקום הלכה כמותו.
וְעוֹד טעם לפסוק הלכה כמותו, דְסוּגְיָין כְּוָותֵיהּ – שהרי סוגיית הגמרא נקטה בסתם כשיטתו, דְּאַמְרִינָן בְּפִירְקָא דִּלְקַמָּן (מז.), תָּנֵי רַבִּי אַמִּי, נאמר בפסוק (שמות כב י) 'שְׁבוּעַת ה' תִּהְיֶה בֵּין שְׁנֵיהֶם', ויש לדרוש מכך שרק בין שני בעלי הדין שייכת שבועה דאורייתא, וְלֹא בֵּין הַיּוֹרְשִׁים. וביררה הגמרא שם, הֵיכִי דָּמִי – באיזה אופן שייך דין זה, אִילֵימָא – אם תאמר שזהו באופן דְּאָמַר לוֹ התובע לנתבע מָנֶה לְאַבָּא בְּיַד אֲבוּךְ – מנה היה לאבי ביד אביך, וכיון שאתה יורשו עליך להשיבו לי, וְאָמַר לֵיהּ הנתבע, חַמְשִׁין אִית לֵיהּ וְחֲמְשִּׁין לֵית לֵיהּ – חמישים הוא אכן היה חייב לאביך, ואותם עלי לשלם לך, אך חמישים אחרים אינו חייב לאביך, מַה לִי הוּא מַה לִי אֲבוּהָּ, כְּלוֹמַר, מַאי שְׁנָא הוּא וּמַאי שְׁנָא אֲבוּהָּ – מה החילוק בין אופן שהאב עצמו היה מודה במקצת לבין אופן שהבן מודה במקצת, וכְּשֵׁם שֶׁאִם אָמַר מָנֶה לְאַבָּא בְּיָדְךָ, וְאָמַר לוֹ חַמְשִׁין אִית לֵיהּ וְחֲמְשִּׁין לֵית לֵיהּ, חַיָּב שְׁבוּעָה דאורייתא, שהרי הוא מודה במקצת, כָּךְ אִם אָמַר לֵיהּ מָנֶה לְאַבָּא בְּיַד אֲבוּךְ, וְאָמַר לֵיהּ חַמְשִׁין אִית לֵיהּ וְחֲמְשִּׁין לֵית לֵיהּ, חַיָּב. ומסיים הרי"ף את ראייתו, וְהַאי סְבָרָא – והרי סברא זו, שבה אנו לומדים את הדין מאופן של מודה במקצת בממון שהיה חייב לאביו של התובע, שחייב שבועה, לֹא מִסְתַּגִּי אֶלָּא אַלִּיבָּא – אינה שייכת אלא לשיטתו דְּרַבִּי אֱלִיעֶזֶר בֶּן יַעֲקֹב, דְּאָמַר, לֹא שְׁנָא בּוֹ וְלֹא שְׁנָא בִּבְנוֹ אֵינוֹ מֵעִיז, וממילא אף כשהוא מודה במקצת על תביעת הבן הוא חייב שבועה דאורייתא, וּכְדְאוּקִימְנָא אַלִּיבָּא דְּרַב – וכפי שהעמדנו אופן זה לשיטת רב, בִּדְאָמַר בָּרִי לִי – כשטוען הבן טענת ברי שהלה חייב ממון לאביו, הִלְכָּךְ לָאו מֵשִׁיב אֲבֵדָה הוּא – ולכן אינו נחשב כמשיב אבידה, כיון שלדעת רבי אליעזר בן יעקב אינו מעיז לכפור אף בבנו של התובע, באופן שהלה תובעו בטענת ברי. וְשַׁמְעִינָן מֵהָא – ויש ללמוד מכך דְּהִלְכְתָא כְּרַבִּי אֱלִיעֶזֶר בֶּן יַעֲקֹב, דְּהָא סוּגְיָין כְּוָותֵיהּ – שהרי סוגיית הגמרא סתמה כשיטתו, ומבאר הרי"ף מנין שסתימת סוגיית הגמרא כאחד התנאים זו ראיה שאכן הלכה כמותו, כִּדְאַמְרִינָן הָתָם – כפי שהתבאר במסכת סנהדרין (ו.) לגבי דיין שטעה בשיקול הדעת, וביארה שם הגמרא הֵיכִי דָּמִי – באיזה אופן נחשב הדיין כמי שטעה בשִׁיקּוּל הַדַּעַת, כְּגוֹן תְּרֵי תַּנָּאֵי וּתְרֵי אֲמוֹרָאֵי – כגון שני תנאים או שני אמוראים דִּפְלִיגֵי אַהֲדָדֵי – החולקים זה עם זה, וְלֹא אִיתְּמַר הִלְכְתָא כְּחַד מִינַּיְיהוּ – ולא נפסקה הלכה בפירוש כאחד מהם, וְסוּגְיָן בְּעָלְמָא כְּחַד מִינַּיְיהוּ – אך סתימת סוגיית הגמרא כאחד מהם, וְאָזַל אִיהוּ וְעָבַד כְּאִידָךְ – והלך אותו דיין ופסק הלכה כתנא או האמורא השני, הַיְינוּ טָעָה בְּשִׁיקּוּל הַדַּעַת. ומבאר הרי"ף מדוע כאן נחשבת המחלוקת של רבי אליעזר בן יעקב וחכמים כנידון התלוי בשיקול הדעת, וְהַאי פְּלוּגְתָא דְּהָכָא – והרי מחלוקת זו שבסוגייתנו, בְּשִׁיקּוּל הַדַּעַת נִיהוּ, דְּכָל חַד מִינַּיְיהוּ סְבָרָא דִּידֵיהּ קָאָמְרִי – שהרי כל אחד מהם אמר את סברתו בענין זה [האם אדם מעיז פניו בפני בנו של בעל חובו], הִלְכָּךְ – ולכן, אִי אָמַר בנו של התובע בָּרִי לִי שֶׁיֵּשׁ לְאַבָּא בְּיָדְךָ מָנֶה, וְאָמַר לֵיהּ אִידָךְ – ואמר לו הנתבע, חַמְשִׁין אִית לֵיהּ וְחֲמְשִּׁין לֵית לֵיהּ, חַיָּב שבועת התורה של מודה במקצת. אֲבָל אִי לֹא אָמַר התובע בָּרִי לִי, פָּטוּר הנתבע משבועת התורה, וְהַיְינוּ דִּתְנַן – וזהו מה ששנינו במשנה, מָנֶה לְאַבָּא בְּיָדְךָ, אֵין לְךָ בְּיָדִי אֶלָּא חַמְשִׁין דִּינָר, פָּטוּר משבועת התורה, וְאוּקְמָהּ רַב לְהַאי מַתְנִיתִין בִּדְלֹא אָמַר בָּרִי לִי – והעמיד רב משנה זו באופן שלא טען התובע טענת ברי.
מוסיף הרי"ף, וְאַף עַל גָּב דְּחֲזִינָן לְקַמָּאֵי דְּפָסְקוּ הִלְכְתָא כְּרַבָּנָן – ואף שראינו לרבותינו הראשונים שפסקו הלכה כחכמים החולקים על רבי אליעזר בן יעקב, דְּאָמְרֵי שבאופן זה שהוא מודה לבנו של התובע מֵשִׁיב אֲבֵידָה הָוֵי, אֲנַן כַּתְבִינָן מַאי דִּסְבִירָא לָן מְהָנֵי טַעֲמָא דְּפַּרְשִׁינָן – אנו כתבנו מה שאנו סוברים מחמת אותם טעמים שפירשנו, וְטַעֲמֵי דִּבְּרִירִין אִינוּן – וטעמים ברורים הם, וְלֵית בְּהוּ סְפֵקָא – ואין בהם ספק.